Mặc dù phương pháp Agile có nhiều ưu điểm, nhưng cũng tồn tại một số nhược điểm mà các tổ chức và nhóm phải xem xét khi triển khai:

1. Khó khăn trong quản lý dự án lớn: Agile thường được xem là hiệu quả cho các dự án nhỏ đến trung bình, nhưng có thể gặp khó khăn khi áp dụng cho các dự án lớn và phức tạp. Việc quản lý các quy mô lớn có thể trở nên phức tạp hơn và đòi hỏi sự chia sẻ thông tin và liên kết chặt chẽ giữa các nhóm.
2. Thách thức với dự án có yêu cầu cố định: Trong một số trường hợp, khi có yêu cầu cụ thể và không linh động, Agile có thể gặp khó khăn. Các dự án yêu cầu đặc tả chi tiết từ đầu có thể không phù hợp với quá trình phát triển linh hoạt của Agile.
3. Đòi hỏi sự cam kết cao từ phía khách hàng: Agile yêu cầu sự tương tác và cam kết lâu dài từ phía khách hàng. Nếu khách hàng không có khả năng tham gia đủ hoặc không cam kết đầy đủ, có thể gây khó khăn trong quá trình phát triển và làm tăng rủi ro thất bại.
4. Yêu cầu sự hiểu biết và cam kết cao từ đội ngũ: Agile đòi hỏi đội ngũ phải có sự hiểu biết và cam kết cao đối với phương pháp làm việc này. Nếu đội ngũ không đủ chín chắn hoặc không học nhanh, có thể gặp khó khăn trong việc thực hiện đúng các nguyên tắc Agile.
5. Khả năng đánh giá hiệu suất khó khăn: Việc đánh giá hiệu suất và tiến độ có thể trở nên khó khăn do sự tập trung vào việc cung cấp giá trị liên tục hơn là đối chiếu với lịch trình cụ thể.
6. Khó khăn trong việc tích hợp với các hệ thống cũ: Trong một số trường hợp, việc tích hợp phương pháp Agile vào môi trường làm việc hiện tại có thể đòi hỏi sự thay đổi lớn và gặp khó khăn khi cần tích hợp với các hệ thống hoặc quy trình làm việc cũ.
7. Thiếu tài liệu chi tiết: Agile thường tập trung vào việc sản xuất sản phẩm hữu ích hơn là tài liệu. Điều này có thể dẫn đến việc thiếu tài liệu chi tiết về hệ thống, đặc tả, và kiến trúc, gây khó khăn cho việc duy trì và phát triển sau này.

Tuy nhiên, nên lưu ý rằng mỗi tổ chức và dự án đều có yếu tố riêng, và việc chọn lựa phương pháp phù hợp phụ thuộc vào nhiều yếu tố khác nhau.